Dinas Pendidikan Kota Balikpapan dibentuk berdasarkan Peraturan WaliKota Balikpapan Nomor 92 Tahun 2021 Tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas Dan Fungsi, Serta Sistem Kerja Dinas Pendidikan Kota Balikpapan.

Dinas Pendidikan Kota Balikpapan merupakan lembaga pemerintah yang bertugas mengelola, mengawasi, dan membina sektor pendidikan di wilayah Kota Balikpapan. Melalui beragam fungsi seperti perencanaan, pengembangan kurikulum, pelayanan publik, kolaborasi lintas sektor, dan inovasi pendidikan. Dinas Pendidikan Kota Balikpapan mengelola berbagai jenjang pendidikan, mulai dari PAUD, SD,  hingga SMP